성전환수술은 크게 두 가지로 나뉜다. 여성에서 남성으로의 성전환수술(FTM : Female to Male), 다른 하나는 남성에서 여성으로의 성전환수술(MTF : Male to Female)이다. 전자의 경우 후자보다 복잡한 과정을 거치며 호르몬 요법 기간만 1년 정도가 걸린다. 이후 자궁, 난소, 난관, 유방 등 제거해야 하는 장기가 많고 없던 음경을 직접 만들어야하기 때문이다.
먼저 여성에서 남성으로 전환하는 '남성화성전환수술'의 경우 음경을 만드는 것이 중요하다. 이 때문에 다른 조직의 세포를 이식하는 음경재건술을 하거나 음핵을 키워 음경의 기능을 하게 만드는 수술을 받는다.
또 음경재건 시에는 신체조직 중 일부를 떼어 음경모양처럼 둥글게 만들어야 한다. 주로 팔뚝, 허벅지 또는 복부와 같은 신체의 다른 부위 피부를 사용하여 만든다. 음경에 대한 음경축과 귀두를 만들고, 환자가 음경을 통해 소변을 볼 수 있도록 요도도 만든다. 음경 성형술은 일반적으로 오랜 시간이 걸리는 절차다. 환자가 음경을 통해 소변을 볼 수 있도록 요도도 만드는데, 이 기간만 1년 반 정도가 걸린다고 한다. 약물요법부터 시작해 음경 재건술까지 한다면 약 3년여의 시간이 필요하다.
그러나 수술하더라도 발기는 이뤄지지 않는다. 이 때문에 성전환 후 여성과의 성관계를 원하면 음경보형물 수술해야 한다. 이는 발기부전 환자에게 수술하는 방법과 같은 원리로 진행된다. 우선 음경에 팽창형 음경보형물을 삽입한다. 음경 해면체 내에 팽창되는 실린더를 넣고 음낭에 조절펌프를 설치한 뒤 생리 식염수가 들어있는 저장고를 치골 뒤 아랫배에 넣는다. 발기가 필요한 순간에 음낭에 설치한 펌프를 작동시키면 삽입한 실린더로 생리식염수가 이동되면서 실린더가 팽창하여 마치 실제 발기가 일어나는 것 처럼 작동하는 원리다.
하지만, 임신은 불가능하다. 임신이 가능하려면 기본적으로 정자를 만들어내는 고환이 필요하다. 여성 역시 난자를 만들어내는 난소가 있어야 한다. 그러나 성전환 수술로 고환•난소까지 심을 수는 없기 때문에 생리학적으로 임신이 불가능 한 것이다.